سازی و شناسایی باکتری‌های تجزیه‌کننده‌ی ترکیبات آروماتیک

فصل اول: کلیات تحقیق

۱-۱- مقدمه

۱-۲- بیان مسئله

۱-۳- اهمیت و ضرورت انجام تحقیق

۱-۴- ادبیات تحقیق

۱-۵- اهداف تحقیق

۱-۵-۱ اهدف کلی

۱-۵-۲ اهداف جزئی

۱-۵-۳ اهداف کاربردی

۱-۶- سؤالات تحقیق

فصل دوم: مروری بر ادبیات و پیشینه تحقیق

۲-۱- خلیج فارس

۲-۲- استان بوشهر

۲-۳- نفت و آلودگی‌های نفتی

۲-۴- ورود نفت به آب دریا

۲-۵- تغییرات نفت پس از ورود به آب دریا

۲-۵-۱ پراکنده شدن

۲-۵-۲ پخش شدن مواد نفتی در سطح آب

۲-۵-۳ حل شدن

۲-۵-۴ تبخیر شدن

۲-۵-۵ اکسیداسیون فتوشیمیایی

۲-۵-۶ بحالت امولسیون در آمدن

۲-۵-۷ قابلیت تجزیه زیستی

۲-۵-۸ ته نشین شدن

۲-۶- تجزیه‌زیستی

۲-۷- معرفی هیدروکربن‌های آروماتیک

۲-۷-۱ طبقه‌بندی ترکیبات آروماتیک

۲-۷-۲ فرمولاسیون ترکیبات آروماتیک

۲-۷-۳ خواص فیزیکی و شیمیایی

۲-۷-۴ درجه سمیت ترکیبات آروماتیک

۲-۷-۵ اثرات هیدروکربن‌های پلی‌آروماتیک روی سلامتی انسان‌ها و موجودات زنده

۲-۷-۶ هیدروکربن های پلی سیکلیک آروماتیک و سرطان

۲-۷-۷ چه عاملی ترکیب را سرطان‌زا می‌کند؟

۲-۸- فنل

۲-۸-۱ کلیات ترکیب فنل

۲-۸-۲ نام‌گذاری

۲-۸-۳ فنول‌های طبیعی

۲-۸-۴ ساختمان مولکولی و خواص فیزیکی

۲-۸-۵ خواص فیزیکی

۲-۸-۶ تأثیر فنل بر محیط زیست و موجودات زنده

۲-۸-۷ کاربردها

۲-۹- تجزیه‌زیستی

۲-۹-۱ روش‌های پاکسازی بیولوژیکی

۲-۹-۲ مبانی زیست‌درمانی

۲-۹-۳ میکروارگانیسم‌های هوازی

۲-۹-۴ میکروارگانیسم‌های بی‌هوازی

۲-۹-۵ مخمرها و قارچ‌ها

۲-۹-۶ استفاده از بیوراکتور‌ها

۲-۹-۷ کو‌متابولیسم

۲-۹-۸ دی‌نیتریفیکاسیون

۲-۹-۹ کمپوست کردن

۲-۹-۱۰ درمان بیولوژیکی

۲-۱۰- میکروارگانیسم های تجزیه کننده ترکیبات آروماتیک

۲-۱۱- مسیر های تجزیه زیستی

۲-۱۱-۱ تجزیه میکروبی فنل

۲-۱۱-۲ تجزیه میکروبی نفتالین

فصل سوم: روش شناسی تحقیق

۳-۱- محیط کشت‌های مورد استفاده

۳-۱-۱ محیط ONR7a

۳-۱-۲ محیط (ONR7a + نفتالین) آگار

۳-۱-۳ محیط) +ONR7a فنل( آگار

۳-۱-۴ محیط مارین براث (MB)

۳-۱-۵ محیط مارین آگار (MA)

۳-۱-۶ محیط نوترینت براث (NB)

۳-۱-۷ محیط نوترینت آگار (NA)

۳-۲- محلول‌ها

۳-۲-۱ سرم فیزیولوژی

۳-۲-۲ محلول اتیلن‌دی‌‌آمینو‌تترا‌استیک‌اسید (EDTA)

۳-۲-۳ محلول Tris-Base

۳-۲-۴ محلول TBE

۳-۲-۵ محلول   EDTA Tris-Base- (TE)

۳-۲-۶ محلول اتیدیوم بروماید

۳-۳- مواد مصرف شده در PCR

۳-۴- دستگاه‌های مورد استفاده

۳-۵- روش عملی

۳-۵-۱ نمونه برداری به منظور جداسازی باکتری های تجزیه کننده

۳-۵-۲ شمارش باکتری های موجود در محیط

۳-۵-۲-۱ شمارش باکتری های هتروتروف

۳-۵-۲-۲ شمارش باکتری‌های تجزیه‌کننده نفتالین

۳-۵-۲-۳ شمارش باکتری‌های تجزیه‌کننده فنل

۳-۵-۳ جداسازی باکتری های تجزیه کننده

۳-۵-۳-۱ جداسازی و غربالگری باکتری های  تجزیه کننده

۳-۵-۳-۲ تست های تکمیلی

۳-۵-۳-۲-۱ سنجش رشد باکتری

۳-۵-۳-۲-۲ فعالیت امولسیون‌کنندگی (E24)

۳-۵-۳-۲-۳  سنجش حذف فنل

۳-۵-۳-۲-۴ سنجش حذف نفتالین

۳-۵-۴ شناسایی باکتری ها

۳-۵-۴-۱ استخراج DNA ژنومی با روش فنل کلروفورم

۳-۵-۴-۲ تعیین غلظت DNA استخراج شده

۳-۵-۴-۳ برنامه وغلظت مواد مورد استفاده در PCR

۳-۵-۴-۴ بررسی محصول PCR

۳-۵-۴-۵BLAST  کردن نتایج حاصل از توالی یابی نوکلئوتیدی نمونه ها

فصل چهارم: نتایج یافته های تحقیق

۴-۱- نمونه برداری

۴-۲- شمارش باکتری ها

۴-۲-۱ شمارش تعداد کل هتروتروف‌ها

۴-۲-۲ شمارش تعداد کل تجزیه کننده‌ها

۴-۳- نکات ایمنی جهت استفاده از فنل و نفتالین

۴-۴- جداسازی میکروارگانیسم های تجزیه کننده

۴-۴-۱ کشت نمونه‌ها در محیط ONR7a به اضافه فنل جهت جداسازی باکتری‌های تجزیه‌کننده فنل

۴-۴-۲ کشت نمونه‌ها در محیط ONR7a به اضافه نفتالین جهت جداسازی باکتری‌های تجزیه کننده نفتالین

۴-۵- تست‌های تکمیلی جهت انتخاب باکتری‌هایی با توان بالای تجزیه فنل و نفتالین

۴-۵-۱ سنجش میزان رشد باکتری های تجزیه کننده فنل و نفتالین

۴-۵-۲ فعالیت امولسیون کنندگی (E24)

۴-۵-۳ سنجش حذف ترکیبات آروماتیک

۴-۵-۳-۱ سنجش حذف نفتالین

۴-۵-۳-۲ سنجش حذف فنل

۴-۶- شناسایی مولکولی نمونه های تجزیه کننده ترکیبات آروماتیک

۴-۶-۱ بررسی محصول PCR

۴-۶-۲ BLAST کردن توالی نوکلئوتیدی نمونه ها

۴-۷- رسم درخت فیلوژنی برای سویه‌ها

۴-۸- فاصله ژنتیکی بین سویه‌ها

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری

۵-۱- بحث و نتیجه گیری

۵-۲- پیشنهادات