طراحی، انالیز بیوانفورماتیکی، همسانه سازی و بیان مولتی توپ انتی ژن اختصاصی کارسینومای سلول های سنگفرشی مری

فصل اول: مقدمه

سرطان مری

تعیین مرحله بیماری

عوامل خطرزا در ابتلا به سرطان مری

تغییرات مولکولی در سرطان مری

تغییرات مولکولی در EAC

تغییرات مولکولی در EACC

درمان های رایج سرطان مری

جراحی

رادیوتراپی

شیمی درمانی

لیزر درمانی

فتودینامیک

پروتئین EpCAM

مسأله ی تحقیق

فصل دوم: مروری بر تحقیقات انجام شده

EpCAM در درمان سرطان

فصل سوم: مواد و روش ها

مواد مورد استفاده

باکتری مورد استفاده

پلاسمید

انزیم ها

کیت های ازمایشگاهی

انتی بیوتیک ها

محیط کشت باکتری

ژل الکتروفورز

مواد شیمیایی

وسایل و تجهیزات ازمایشگاهی

طراحی و انالیز بیوانفورماتیکی مولتی توپ پروتئین EpCAM

طراحی مولتی توپ کایمر

بهینه سازی توالی یا Optimization

پیش بینی ایمیوژنیک اپی توپ های سلول های B

پیش بینی ایمیوژنیک اپی توپ های سلول های T

پیش بینی میزان تمایل اتصال اپی توپ ها به MHC

پیش بینی ساختار دوم mRNA

پیش بینی ساختار دوم پروتئین

شناسایی نواحی تداخل کننده

تعیین ساختار سوم پروتئین

تعیین میزان انتی ژنیک بودن و محلول بودن پروتئین

تعیین میزان پایداری پروتئین

سنتز شیمیایی DNA کایمر طراحی شده

سنتز شیمیایی ژن نوترکیب

پایداری و شرایط نگهداری DNA سنتز شده

محلول سازی DNA لیوفیلیزه

کلونینگ پلاسمید AMP+ pBSK  حاوی DNA مولتی توپ EpCAM

اماده سازی باکتری شایسته

مواد و محلول ها

روش کار

ترانسفورماسیون پلاسمید به سلول های مستعد TOP  Ecoli

روش کار

ارزیابی کلونی ها

استخراج پلاسمید  AMP+ pBSK  حاوی DNA مولتی توپ EpCAM

تایید آنزیمی پلاسمید استخراج شده

هضم آنزیمی دوگانه یا Double digestion

الکتروفورز

ساب کلونینگ ژن مولتی توپ EpCAM

تخلیص DNA مولتی توپ EpCAM از ژل

لایگیشن

ترانسفورماسیون

اماده سازی سلول های شایسته

ترانسفورماسیون سلول های شایسته Ecoli BL(DE) با محصول لایگیشن

ارزیابی کلونی ها

استخراج پلاسمید بیانی peta حاوی ژن مولتی توپ EpCAM

تایید انزیمی پلاسمید استخراج شده

بیان پروتئین مولتی توپ EpCAM

القاء بیان پروتئین به کمک IPTG

بررسی بیان به کمک تکنیک SDSpage

روش ساخت محلول ها و ژل ها

Run  کردن نمونه ها

رنگ امیزی با کوماسی G کلوئیدی

فصل چهارم: نتایج

نتایج حاصل از طراحی و انالیز بیوانفورماتیکی پروتئین EpCAM

مولتی توپ کایمر طراحی شده

نتایج حاصل از بهینه سازی توالی یا Optimization

انالیز ساختار mRNA

ساختار دوم پروتئین

پیش بینی ایمیوژنیک اپی توپ های شناسایی شونده توسط سلول های لنفوسیتB

پیش بینی اپی توپ های شناسایی شونده توسط سلول های لنفوسیت T

پیش بینی تمایل اتصال پپتید ها به مولکول MHC

شناسایی نواحی تداخل کننده

پیش بینی ساختار سوم پروتئین

نتایج حاصل از تعیین میزان آنتی ژنیک بودن و محلول بودن پروتئین

بررسی پایداری پروتئین نوترکیب

سنتز شیمیایی DNA کایمر طراحی شده نو ترکیب

کلونینگ پلاسمید AMP+ pBSK  حاوی DNA مولتی توپ EpCAM

ساب کلونینگ ژن مولتی توپ EpCAM

بیان پروتئین مولتی توپ EpCAM و تائید ان به کمک تکنیک SDSpage

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری

بحث

نتیجه گیری