محاسبات انرژی آزاد گیبس برای تعویض مهمان در هیدرات گازی sI با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی

فصل اول:هیدرات گازی

۱-۱- هیدرات گازی

۱-۲- هیدرات‌های گازی در گذر زمان

۱-۳- ساختار هیدرات‌های گازی

۱-۳-۱- ساختار sI

۱-۳-۲- ساختار sII

۱-۳-۳- ساختار sH

۱-۳-۴- نکاتی مربوط به ساختار‌های هیدرات

۱-۴- مشخصات مولکول مهمان

۱-۵- هیدرات­های گازی در طبیعت

۱-۶- اهمیت هیدرات‌های گازی

۱-۶-۱- مزایای هیدرات گازی

۱-۶-۱-۱- انتقال گاز طبیعی

۱-۶-۱-۲- منبع انرژی

۱-۶-۱-۳- جداسازی دی­اکسیدکربن

۱-۶-۱-۴- هیدرات‌های گازی در صنعت غذایی

۱-۶-۱-۴-۱- تغلیظ آب میوه­ها

۱-۶-۱-۴-۲- شیرین­سازی آب دریا

۱-۶-۱-۴-۳- جداسازی آنزیم­ها

۱-۶-۲- مضرات هیدرات گازی

۱-۷- بازدارنده­ها

۱-۷-۱- بازدارنده‌های ترمودینامیکی

۱-۷-۲- بازدارنده‌های غیرترمودینامیکی

۱-۷-۳- معیار‌های بازدارنده

۱-۸- جذب

فصل دوم:شبیه سازی دینامیک مولکولی

۲-۱- تاریخچه­ی شبیه­سازی

۲-۲- شبیه سازی دینامیک مولکولی

۲-۳- سامانه های مدل و پتانسیل های برهمکنش

۲-۴- معرفی مدل پتانسیل برای برهمکنش بین مولکول های سازندهی سامانه

۲-۵- معرفی مدل پتانسیل برای برهمکنش بین سیستم و محیط

۲-۵-۱- شرایط مرزی دوره­ای

۲-۵-۲- قطع پتانسیل و قرارداد نزدیکترین تصویر

۲-۶- الگوریتم انتگرال­گیری زمانی

۲-۶-۱- الگوریتم ورله

۲-۶-۲- الگوریتم جهشی ورله

۲-۶-۳- الگوریتم ورله سرعتی

۲-۷- اولین گام در شبیه سازی دینامیک مولکولی

۲-۷-۱- تعیین مکان­های اولیه ی ذرات

۲-۷-۲- تعیین سرعت­های اولیه ی ذرات

۲-۸- دومین گام در شبیه­سازی دینامیک مولکولی

۲-۹- سومین گام در شبیه­سازی دینامیک مولکولی اندازه گیری خواص ترمودینامیکی

۲-۱۰- چهارمین گام در شبیه­سازی دینامیک مولکولی: تحلیل نتایج

۲-۱۱- انواع مجموعه ها در شبیه­سازی دینامیک مولکولی

۲-۱۲- انواع خطاها در شبیه­سازی دینامیک مولکولی

۲-۱۲-۱- خطاهای آماری

۲-۱۲-۲- خطاهای سیستماتیک

۲-۱۳- محدودیت­های شبیه­سازی دینامیک مولکولی

۲-۱۳-۱- اثرات کوانتومی

۲-۱۳-۲- تعیین پتانسیل­های برهمکنش

فصل سوم: محاسبات انرژی آزاد گیبس

۳-۱- انواع خواص ترمودینامیکی

۳-۱-۱- توابع ترمودینامیکی ساده

۳-۱-۱-۱- انرژی داخلی

۳-۱-۱-۲- فشار

۳-۱-۱-۳- میانگین مجذور نیرو

۳-۱-۲- توابع ترمودینامیکی پاسخ

۳-۱-۳- خواص وابسته به انتروپی

۳-۱-۳-۱- انتگرال گیری ترمودینامیکی

۳-۱-۳-۲- روش ذره­ی آزمایشی

۳-۱-۴- انرژی آزاد

۳-۲- انواع روش­ها برای محاسبه ی اختلاف انرژی آزاد

۳-۲-۱- اختلال ترمودینامیکی

۳-۲-۱-۱- محاسبه­ی اختلاف انرژی آزاد حلال پوشی بازهای نیتروژن­دار با روش اختلال ترمودینامیکی

۳-۲-۱-۲- محاسبه­ی اختلاف انرژی آزاد هشت لیگاند مربوط به پروتئین پیوندی FK506 با FKBP12 به روش اختلال ترمودینامیکی

۳-۲-۲- روش تدریجی

۳-۲-۳- خط سیر چند مرحله ای

۳-۲-۴- انتگرال­گیری ترمودینامیکی

۳-۳- کاربرد روش­های محاسبه ی اختلاف انرژی آزاد

۳-۳-۱- چرخه­های ترمودینامیکی

۳-۳-۲- محاسبه­ی انرژی آزاد مطلق

فصل چهارم:محاسبات انرژی آزاد گیبس برای تعویض مهمان  در هیدرات گازی  sI با استفاده از شبیه­سازی دینامیک مولکولی

۴-۱- روش انتگرال­گیری ترمودینامیکی

۴-۲- سابقه تحقیق

۴-۳- مشخصات مولکول هیدروژن سولفید

۴-۴- نرم افزارشبیه سازی و فایل­های ورودی در این تحقیق

۴-۴-۱- فایل­های ورودی نرم­افزار

۴-۴-۱-۱- فایل ساختار اولیه ذرات (CONFIG)

۴-۴-۱-۲- فایل تعیین پارامترهای کنترل شبیه­سازی (CONTROL)

۴-۴-۱-۳- تهیه­ی فایل ورودی (FIELD)

۴-۴-۲- فایل­های خروجی نرم افزار

۴-۴-۲-۱- فایل ساختار نهایی ذرات (REVCON)

۴-۴-۲-۲- فایل خروجی اصلی شبیه­سازی (OUTPUT)

۴-۴-۲-۳- فایل اطلاعات روند شبیه­سازی به زبان ماشین (REVIVE)

۴-۵- محاسبه ی انرژی آزاد جانشینی های مختلف هیدروژن سولفید به جای متان در هیدرات­های گازی sI

۴-۶- محاسبه­ی خواص ساختاری و ترمودینامیکی

۴-۶-۱- تابع توزیع شعاعی

۴-۶-۲- بررسی وابستگی حجم سلول واحد به دما

۴-۶-۳- بررسی ضریب انبساط گرمایی خطی

۴-۶-۴- بررسی ضریب تراکم­پذیری هم دما