بیان و تخلیص پروتئین نوترکیب FGFR2b و بررسی تغییرات ساختاری آن بر اثر برهمکنش با فلزات سمی

فصل اول     مقدمه و اهمیت موضوع

۱-۱- مقدمه

۱-۱-۱- فاکتور رشد فیبروبلاستی

۱-۱-۲- گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاست

۱-۱-۳- گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاست نوع ۲

۱-۱-۴- گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاستی تیروزین کینازی

۱-۱-۵- فعال سازی کینازها از طریق ایجاد موتاسیون

۱-۲- اهمیت موضوع وضرورت انجام تحقیق

۱-۳- اهداف طرح

۱-۳-۱- هدف اصلی

۱-۳-۲- اهداف فرعی

۱-۳-۳- اهداف کاربردی

۱-۳-۴- فرضیات

۱-۳-۵- متغییرها

فصل دوم      مروری بر متون گذشته

۲-۱- پروتئین

۲-۱-۱- ساختمان پروتئین ها

۲-۱-۲- گیرنده های تیروزین کینازی

۲-۱-۳- فاکتورهای رشد فیبروبلاستی

۲-۱-۴- گیرنده های فاکتور رشد فیبروبلاستی

۲-۱-۵- گیرنده های فاکتورهای رشد فیبروبلاستی و اختلالات پاتولوژیکی

۲-۱-۶- مسیر پیام رسانی سلولی فاکتورهای رشد فیبروبلاستی

۲-۱-۷- تنظیم مسیر پیام رسانی فاکتور های رشد فیبروبلاستی

۲-۲- فلز چیست؟

۲-۲-۱- فلزات سمی

۲-۲-۳- سرب

۲-۲-۴-کادمیوم

۲-۲-۵- نیکل

۲-۲-۶-آلومینیوم

۲-۷- تاثیر فلزات بر مسیرهای سیگنالینگ

۲-۷-۱-ROS

۲-۷-۲- MAPK

۲-۷-۳- PI3K/Akt

۲-۷-۴- HIF

۲-۷-۵- NF-kB

۲-۷-۶- NFAT

۲-۷-۷- AP

۲-۸- اثر ترکیبات فلزی بر مسیرهای سیگنالینگ و بیان ژن

۲-۸-۱- سرب

۲-۸-۲- کادمیوم

۲-۸-۳- نیکل

۲-۸-۴- آلومینیوم

۲-۹- پیشگویی ساختمان پروتئین ها

۲-۹-۱- بررسی ساختار پروتئین ها

۲-۹-۲- مطالعه ی ساختاری پروتئین ها

۲-۹-۳- تکنیک های مطالعه ی ساختار پروتئین  ها

۲-۹-۴- تکنیک فلوئورسانس اسپکتروسکوپی

۲-۹-۵- تکنیک دورنگ نمایی حلقوی(CD)

۲-۹-۶- تکنیک ها و عوامل دناتوراسیون

۲-۱۰- تکنیک های تولید و تخلیص پروتئین های نوترکیب

۲-۱۰-۱- کاربرد پروتئین های نوترکیب

۲-۱۰-۲- پروتئین های نوترکیب (Recombinant proteins )

۲-۱۰-۳- تولید پروتئین های نوترکیب در گیاهان

۲-۱۰-۴- استفاده ازایشریشیاکلی به عنوان یک ارگانیسم میزبان برای تولید پروتئین

۲-۱۰-۵- خالص سازی پروتئین های نوترکیب

فصل سوم   مواد و روش ها

۳-۱- مواد، تجهیزات و متغیر ها ی آزمایش

۳-۱-۱- مواد مورد استفاده در آزمایش

۳-۱-۲- دستگاه ها و تجهزات مورد استفاده در آزمایش

۳-۲- محلول ها و بافرها

۳-۲-۱- تهیه ی استوک آمپی سیلین

۳-۲-۲- تهیه ی استوک IPTG

۳-۲-۳- تهیه ی بافر لیز کننده سلول جهت بررسی حلالیت پروتئین

۳-۲-۴- تهیه ی بافر لیز کننده  سلول جهت تخلیص پروتئین

۳-۲-۵- تهیه ی محلول ژل پلی آکریل آمید ۴%

۳-۲-۶- تهیه ی محلول ژل پلی آکریل آمید ۱۲%

۳-۲-۷- تهیه ی محلول  APS10%

۳-۲-۸- تهیه ی بافر الکترود x10  (Running buffer)

۳-۲-۹- تهیه ی بافر نمونه Sample Buffer))

۳-۲-۱۰- تهیه ی محلول Tris-Hcl 5/0 مولار

۳-۲-۱۱- تهیه ی محلول Tris-Hcl 5/1 مولار

۳-۲-۱۲- تهیه ی Staining Buffer

۳-۲-۱۳- تهیه ی Destaining Buffer

۳-۲-۱۴- تهیه ی محلول آکریل آمید- بیس آکریل آمید

۳-۲-۱۵- تهیه بافر SDS

۳-۲-۱۶- تهیه بافرA (Washing Buffer)

۳-۲-۱۷- تهیه بافر B (   (Eluting Buffer

۳-۲-۱۸- تهیه بافر دیالیز

۳-۲-۱۹- تهیه استوک گوانیدین هیدروکلراید (GnHCl)

۳-۲-۲۰- تهیه استوک فلزات

۳-۲-۲۱- آماده سازی محیط های کشت باکتری

۳-۳- روش انجام کار

۳-۳-۱- نمایش ساختار پلاسمید نوترکیب pLEICS-01 و توالی ژنی ناحیه تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b

۳-۳-۲- مراحل تولید پروتئین نوترکیب

۳-۳-۳- تعیین غلظت پروتئین

۳-۳-۴- مطالعات اسپکتروسکوپی فلوئورسانس

۳-۳-۵- مطالعات اسپکتروسکوپی دورنگ نمایی حلقوی CD))

۳-۳-۶- مطالعات اسپکتروسکوپی FTIR

۳-۳-۷- مطالعات دناتوراسیون شیمیایی با استفاده از اسپکتروسکوپی فلوئورسانس

         فصل چهارم یافته ها و نتایج

۴-۱- بررسی بیان پروتئین در دمای ۳۷ درجه سانتی گراد

۴-۲- بررسی بیان پروتئین در دمای۲۰ درجه سانتی گراد

۴-۳- بررسی  حلالیت پروتئین بیان شده دردو دمای۲۰ و ۳۷ درجه سانتی گراد

۴-۴- بررسی میزان خلوص پروتئین محلول شده

۴-۵- آنالیز SDS-PAGE بعد از دیالیز

۴-۶- بررسی عملکرد پروتئین خالص شده

۴-۷- بررسی ساختار سوم ناحیه‏ی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b

۴-۸- بررسی اثر دناتوراسیون شیمیایی بر طول موج ماکزیمم نشر فلوئورسنس ذاتی ناحیه‏ی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b

۴-۹- بررسی اثردناتوراسیون شیمیایی بر شدت نشر فلوئورسانس ذاتی ناحیه‏ی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b

۴-۱۰- بررسی اثر سرب، کادمیوم، آلومینیوم و نیکل، بر روی ساختار دوم ناحیه‏ی تیروزین کینازی پروتئین نوترکیب FGFR2b

فصل پنجم      بحث و نتیجه گیری

۵-۱- بحث و نتیجه گیری

فهرست منابع: