جداسازی، تعیین هویت مولکولی وتهیه الگوی ژنومی مایکوباکتریوم های کمپلکس توبرکلوزیس ازگاوهای توبرکولین مثبت استان خراسان

فصل اول (مقدمه و هدف)

بیماری سل

مایکو باکتریوم ها

نامگذاری

طبقه بندی مایکو باکتریوم ها

___ مورفولوژی و خصوصیات میکروسکوپی

خصوصیات رشد مایکوباکتریها

فاکتورهای ویورلانس مایکوباکتریوم ها

آنتی ژنهای مایکوباکتریوم ها

پاتوژنز

اشکال بیماری سل

عوامل مساعد کننده

عارضه های بیماری

پیدایش بیماری

روشهای تشخیص

درمان

عوارض داروهای ضد سل

پیشگیری

_ __ پیشگیری در جامعه

___ پیشگیری با واکسن سل

اهمیت مبارزه صحیح با سل

سل گاوی

بیماری سل در گاو

علائم بالینی سل گاوی

تشخیص بیماری سل در گاو

کنترل بیماری سل

__ راههای ابتلا به سل گاوی

تعیین هویت مایکوباکتریومها

___تعیین هویت مایکوباکتریومها بر اساس خصوصیات فنوتیپیک

تعیین هویت مایکوباکتریومها بر اساس خصوصیات ژنوتیپی

تشخیص بیماری

تعیین هویت مولکولی مایکوباکتری هاجهت تعیین گونه

پروب های اسید نوکلئیک

ریبوتایپینگ

روش هیبریدیزاسیونDNA – DNA

پروب های هیبریداسیون داخل ژنومی تجاری

ژنوم مایکوباکتریوم توبرکلوزیس کمپلکس

تکنیک های ژنومی

___تکنیک‌های ژنومی که اساس آنها PCR نمی‌باشد

____انگشت‌نگاری DNA  به روش RFLP

____اسپولیگوتایپینگ

_____استفاده از مخلوط پروب‌ها در RFLP

____ VNTR

فصل دوم (مروری بر تحقیقات انجام شده)

تاریخچه بیماری سل

وضعیت بیماری سل در جهان

تاریخچه سل گاوی در ایران

فصل سوم (مراحل روش تحقیق)

جمع آوری نمونه ها

مواد و تجهیزات مورد نیاز

___ مواد مصرفی

___تجهیزات مورد نیاز

___ _تجهیزات مورد نیاز برای استخراج DNA

____ تجهیزات برای PCR

____ تجهیزات برای هضم آنزیمی

____ تجهیزات الکتروفورز DNA و ساترن بلاتینگ

____ تجهیزات هیبریداسیون

____ تجهیزات آشکار سازی

____ تجهیزات مورد نیاز برای نانودراپ

موارد روش تحقیق

_____تهیه گسترش از نمونه و رنگ آمیزی

____تفسیر نتایج گسترش

__ _کشت نمونه ها

___ _صلایه کردن نمونه ها

____ آلودگی زدایی و هموژنیزاسیون

____سانتریفیوژ و خنثی سازی PH

____ کشت در لوله های لونشتاین  جانسون حاوی گلیسیرین و پیرووات

___بررسی کشت لوله های لونشتاین – جانسون

___  رنگ آمیزی به روش فلئورو کروم

___ انجام تست های بیوشیمیایی تعیین هویت

____تست نیاسین

____ تست کاتالاز

__ _کشت مجدد در لوله لونشتاین – جانسون

___استخراجDNA

____آماده سازی مواد مصرفی برای استخراج DNA

____ کنترل و جمع آوری سلولهای باکتری رشد یافته

____مراحل استخراج DNA

___ارزیابی کیفیت و کمیتDNAاستخراج شده

____ارزیابی کفیت DNA استخراج شده

_____آماده سازی مواد مصرفی  جهت  ارزیابی کیفی DNA استخراج شده

بافر تریسبوراتEDTA یک برابر

بافر نمونه

ژل آگارز

____ارزیابی کمیت DNA استخراج شده برای انجام PCR و RFLP

____ PCR بر اساس پروتکل WHO

مراحل PCR روی نمونه های DNA استخراج شده

الکتروفورز محصولPCR

RFLP

___هضم DNA  کروموزمی به وسیله آنزیم Pvu II

___جداسازی قطعاتDNA به وسیله الکتروفورز

___ ساترن بلاتینگ

____آماده سازی محلول های مورد نیاز ساترن بلاتینگ

____عمل آوری ژل قبل از بلاتینگ

____بلاتینگ به روش موئینه

____عمل آوری غشا بعد از بلاتینگ

___تثبیت DNA برروی غشا

___تهیه پروب های هیبریداسیون و مک هیبریداسیون

____پروب PGRS

____به دست آوردن رقت مناسب برای پروبPGRS  به روش مک هیبریداسیون

___شناسایی

___دات بلاتینگ

___پری هیبریداسیون و هیبریداسیون با پروب نشان دار با دیگوکسیژنین

____مرحله پری هیبریداسیون

مرحله هیبیریداسیون

فصل چهارم(نتایج و بحث )

نتایج و بحث

نمونه برداری

بررسی کشت لوله های لونشتاین– جانسون

آزمون وجود IS

نتایج واکنش PCR

بررسی کمیت DNA استخراج شده برای هضم آنزیمی ((RFLP

بررسیDNA استخراج شده

نتایج هضم آنزیمی(RFLP)، بررسی الکتروفورز و تهیه عکس

نتایج ساترن بلاتینگ

فصل پنجم(نتیجه گیری و پیشنهادات)

پیشنهادات