شناسایی و طراحی آغازگرهای نشانگر ریزماهواره در ماهی راشگوی معمولی

فصل اول: مقدمه و کلیات

۱-۱- مقدمه

۱-۱-۱- اهداف و فرضیه های تحقیق

۱-۲- کلیات

۱-۲-۱- ویژگی های ماهی راشگوی معمولی

۱-۲-۱-۱- طبقه بندی

۱-۲-۱-۲- اسامی متداول

۱-۲-۱-۳- ریخت شناسی گونه

۱-۲-۱-۴- تغذیه ماهی راشگوی معمولی

۱-۲-۱-۵- تولیدمثل ماهی راشگوی معمولی

۱-۲-۱-۶- محل زندگی و گستردگی جغرافیایی ماهی راشگوی معمولی

۱-۲-۱-۷- وضعیت صید ماهی راشگوی معمولی

۱-۲-۱-۸- مشخصات عمومی خلیج فارس

۱-۳- تنوع ژنتیکی و اهمیت آن

۱-۳-۱- نشانگر چیست؟

۱-۳-۱-۱- انواع نشانگر

۱-۳-۱-۲- نشانگرهای ژنتیکی

۱-۳-۱-۳- نشانگرهای ریخت شناسی

۱-۳-۱-۴- نشانگرهای فیزیولوژیکی

۱-۳-۱-۵- نشانگرهای سیتولوژیکی

۱-۳-۱-۶- نشانگرهای مولکولی

۱-۳-۱-۶-۱- نشانگرهای پروتئینی

۱-۳-۱-۶-۲- نشانگرهای DNA

۱-۳-۱-۷- ریزماهواره ها

۱-۳-۱-۷-۱- انواع ریزماهواره ها

۱-۳-۱-۷-۲- جداسازی ریزماهواره ها

۱-۳-۱-۷-۳- تکامل ریزماهواره ها

۱-۳-۱-۷-۴- تشخیص آلل های ریزماهواره ای

۱-۳-۱-۷- ۵- چندشکلی ریزماهواره ها

۱-۳-۱-۷-۶- مزایای ریزماهواره ها

۱-۳-۱-۷-۷- مشکلات کار با ریزماهواره ها

۱-۳-۱-۸- استراتژی نمونه گیری

۱-۳-۱-۸-۱- اندازه نمونه ی مورد نیاز در مطالعات ریزماهواره ای

۱-۳-۱-۹- کاربردهای ریزماهواره ها

۱-۳-۱-۹-۱- تعیین هویت، آزمون انساب و آنالیز خویشاوندی

۱-۳-۱-۹-۲- نقشه یابی ژنومی

۱-۳-۱-۹-۳- تعیین میزان همخونی

۱-۳-۱-۹-۴- مطالعات مربوط به حفاظت از گونه ها و ژنتیک جمعیت

۱-۳-۱-۱۰- تشخیص آلل های ریزماهواره ای

۱-۳-۱-۱۱- ناقل

۱-۳-۱-۱۱-۱- پلاسمید

۱-۳-۱-۱۱-۱-۱- پلاسمید pTZ

۱-۳-۱-۱۲- الحاق قطعات به درون ناقل ها

۱-۳-۱-۱۳- فسفاتاز قلیایی

۱-۳-۱-۱۴- ایجاد DNA نوترکیب

۱-۳-۱-۱۵- دگرگونی

۱-۳-۱-۱۶- غربال کردن ژنتیکی

۱-۳-۱-۱۷- تعیین توالی DNA

فصل دوم : مروری بر پیشینه تحقیق

۲-۱- مطاعات انجام شده در داخل کشور

۲-۲- مطالعات انجام شده در خارج کشور

فصل سوم : مواد و روش های تحقیق

۳-۱- روش های مورد استفاده در این تحقیق

۳-۱-۱- نمونه برداری

۳-۱-۲- استخراج DNA از باله دمی ماهی با استفاده از CTAB

۳-۱-۳- ارزیابی کیفیت و کمیت DNA استخراج شده

۳-۱-۳-۱- روش اسپکتروفتومتری

۳-۱-۳-۲- روش الکتروفورزی

۳-۱-۳-۲-۱- بررسی الکتروفورزی کیفیت DNA استخراج شده

۳-۱-۴- هضم DNA الگو

۳-۱-۵- هضم پلاسمید pTZ57R/T

۳-۱-۶- دی فسفریلاسیون DNA هدف با ناقل

۳-۱-۷- احیایDNA  الگو هضم شده از روی ژل آگارز

۳-۱-۸- تهیه محلول ذخیره سازی باکتری TG1

۳-۱-۹- آماده سازی سلول های پذیرا

۳-۱-۱۰- آماده سازی محیط کشت باکتری( LB مایع و جامد)

۳-۱-۱۱- خالص سازی پلاسمید دی فسفریله شده

۳-۱-۱۲- الحاق DNA الگو به ناقل

۳-۱-۱۳- انتقال پلاسمید نوترکیب به سلول پذیرا

۳-۱-۱۴- بررسی سریع پلاسمید های نوترکیب

۳-۱-۱۵- تخلیص پلاسمید به روش لیز قلیایی

۳-۱-۱۶- تعیین توالی نوکلئوتیدی

۳-۱-۱۷- طراحی و مشخصات آغازگرها

۳-۱-۱۸- واکنش زنجیره ای پلیمراز PCR

۳-۱-۱۹- بررسی محصولات PCR بر روی ژل اگارز

۳-۱-۲۰- ثبت تصاویر

فصل چهارم: نتایج

۴-۱- نتایج بررسی کمیت و کیفیت DNA استخراج شده

۴-۱-۱- روش الکتروفورزی

۴-۱-۲- طیف سنجی DNA

۴-۲- نتایج حاصل از برش آنزیمی پلاسمید

۴-۳- نتایج حاصل از برش آنزیمی DNA ژنومی

۴-۴- نتایج حاصل از خالص سازی پلاسمید

۴-۵- احیای قطعات کوچک از روی ژل آگارز

۴-۶- نتایج حاصل از فسفریله کردن پلاسمید

۴-۷- نتایج حاصل از فسفریله کردن قطعات برش یافتهDNA   ژنومی

۴-۸- نتایج حاصل از الحاق پلاسمید به قطعات DNA ژنومی

۴-۹- نتایج حاصل از الحاق پلاسمید و قطعات DNA ژنومی به باکتری TG1

۴-۱۰- نتایج حاصل از جداسازی پلاسمید و قطعات DNA ژنومی از باکتری

۴-۱۱- نتایج حاصل از تعیین توالی پلاسمید و قطعات DNA ژنومی تکثیر یافته در باکتری

۴-۱۲- نتایج حاصل از طراحی آغازگر از توالی های بدست آمده

۴-۱۳- نتایج حاصل از PCR

۴-۱۴- آللهای پلی مورف (چند شکل)

۴-۱۵- تعداد آلل واقعی  ( Na)و موثر Ne ) )

۴-۱۶- آزمون آغازگرهای چندشکلی ماهی راشگوی معمولی با نمونه های ماهی راشگوی شش خط Polynemus sextarius

فصل پنجم: بحث و نتیجه گیری

۵-۱- شناسایی و جداسازی آغازگرها ی ریزماهواره

۵-۲- آلل های چندشکل و اختصاصی

۵-۳- آزمون آغازگرها در جمعیت ماهی راشگوی شش خط

۵-۴- نتیجه گیری نهایی

۵-۵- پیشنهادات