بررسی وجود و تعیین هویت فاکتورهای پاتوژنیسته در سویه های اشرشیا کلی یوروپاتوژن جدا شده

فصل اول : مقدمه

بیان مسئله

اهمیت و ضرورت تحقیق

اهداف تحقیق

فرضیه های تحقیق

تاریخچه اشرشیا

خانواده انتروباکتریاسه

اشرشیا کلی

طبقه بندی

ساختار آنتی ژنی اشرشیا کلی

ساختار آنتی ژن سوماتیک یا آنتی ژن O

ساختار آن کپسولی یا آنتی ژن K

ساختار آنتی ژن تاژکی یا آنتی ژن تاژکی یا آنتی ژن H

ساختار آنتی ژن فیمبریه ای یا آنتی ژن F

خصوصیات مورفولوژی۰

خصوصیات کشت و بیوشیمیایی

مقاومت

ژنتیک

بیماری زایی اشرشیا کلی

فاکتورهای حدت

کپسول

آندوتوکسین

پروتئین های اتصالی فیمبریه ای

اگزوتوکسین ها

انتروتوکسین ها

سیتوتوکسین ها

وروتوکسین ها

آلفاهمولیزین ها

سیدروفورها

تغییر فاز آنتی ژنی

سیستم ترشحی نوع III

بیماری در انسان

پاتوتیپ اشرشیا کلی های پاتوژن روده ای

پاتوتیپ اشرشیا کلی توکسین زای روده ای(ETEC)

پاتوتیپ اشرشیا کلی بیماری زای روده ای (EPEC)0

پاتوتیپ اشرشیاکلی انترواگرگتیو(EAggEC)

پاتوتیپ اشرشیا کلی انتروهموراژیک (EHEC)

پاتوتیپاشرشیا کلی انترواینواسیو(EIEC)

عفونت های اشرشیا کلی های خارج روده ای

باکتریولوژی و مننژیت اشرشیا کلی (MAEC)

سپسیس

التهاب مثانه

سپتی سمی

عفونت مجاریادراری(UTI)

مقاومت های آنتی بیوتیکی

مقاومت در اشرشیا کلی

فیلوژنتیک اشرشیا کلی

عوامل بیماری زایی(ویرولانس در اشرشیا)

ژن aer (آئروباکتین)

اتصال دهنده ها (Adhesions)

مکانیسم بیماری زاییUPEC در ارتباط با افمبریال ادهسین۰

مکانیسم بیماری زایی UPEC در ارتباط با همولیزین (HlyA)

۰تعاریف واژه ها

فصل دوم: مروری بر تحقیقات انجام شده

بررسی  تحقیقات انجام شده

فصل سوم: مواد و روش ها

نوع مطالعه

جامعه مورد مطالعه

روش انجام طرح

مواد وتجهیزا

دستگاه ها و وسایل مورد نیاز

مواد مصرفی مورد نیاز

محیط های کشت مورد استفاده

ترکیبات و محلول های مورد استفاده در تحقیق و فرمول ساخت آنها

روش اجرا

جمع آوری اطلاعات

انجام امور باکتریولوژیک

نمونه برداری، کشت، جداسازی و تعیین هویت باکتری ها

نمونه برداری

طرز تهییه محیط های کشت

نگه داری نمونه های عفونت ادراری

نگه داری سویه باکتری

استخراج، تعیین کمیت و کیفیت DNA

استخراج DNA

کمیت سنجی و غلظت سنجی DNA استخراج شده

انجام آزمایشات مولکولی

پرایمرها

رقیق سازی پرایمرها

انجام PCR

بهینه سازی اجزاء واکنش PCR0

بهینه سازی تهیه Master Mix 0

گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن aer 0

گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن  HlyA

گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن Pap

گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن  Cnf

گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژن Afa

گرادیانت دمایی جهت به دست آوردن دمای اتصال برای ژنFim

مراحل انجام PCR

بهینه سازی PCR

بررسی محصول PCR

مواد مورد نیاز برای انجام الکتروفورز

ژل آگارز

طرز تهییه ژل آگارز

بافر سنگین کننده

رنگ آمیزی ژل

توالی یابی

روش گردآوری اطلاعات

روش تجزیه و تحلیل اطلاعات

فصل چهارم: نتایج و بحث

فراوانی بیماران بر اساس جنس

نتایج مربوط به فراوانی فاکتورهای حدت در اشرشیا کلی۰

نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن آئروباکتین در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن

بهینه سازی دمای اتصال

انجام آزمون روی سایر ایزوله ها

نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن سایتوتوکسیک نکروز دهنده در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن

بهینه سازی دمای اتصال

انجام آزمون روی سایر ایزوله ها

نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن همولیزین در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن

بهینه سازی دمای اتصال

نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژنP  فیمبریه در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن

بهینه سازی دمای اتصال

انجام آزمون روی سایر ایزوله ها

نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژن Afaدر سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن

بهینه سازی دمای اتصال

انجام آزمون روی سایر ایزوله ها

نتایج آزمون PCR برای شناسایی ژنFim  در سویه های واجد اشرشیا کلی یوروپاتوژن۰

بهینه سازی دمای اتصال۰

ژن های ویرولانس

نتایج ویرولوتایپینگ سویه ها

نتایج تایید محصولات PCR

فصل پنجم: نتیجه گیری

بحث

مقایسه نتایج بدست آمده با یافته های دیگر محققین

نتیجه گیری

پیشنهادات آ